Součástí dobře napsané seminární práce je užití správného systému citací a odkazů na díla jiných autorů. Intelektuální vlastnictví je chráněno zákonem a užití pasáží a myšlenek cizích autorů bez uvedení zdroje je jednak samozřejmě důvodem k nepřijetí či neuznání seminární práce, často však také k zahájení disciplinárního řízení. Odkazy a citace se řídí normou ČSN ISO 690 a ČSN ISO 690-2.

Nejčastějším případem citace je taková, kdy používáme doslovný text, který je uvedena v uvozovkách a pro lepší přehlednost se doporučuje jej ještě graficky zvýraznit kurzívou. Za takovouto citací následuje buď poznámka pod čarou – „Kristián tyto děje převzal z Crescente.“1 – nebo přímo v textu uvedený odkaz na citované dílo uvedený v závorce – „Kristián tyto děje převzal z Crescente.“ (Třeštík, 2003, s.236). Méně často můžeme v seminární práci odkazovat také na obecnou myšlenku, kterou však vyslovil jiný autor před námi, a tudíž v souladu s informační etikou je nutné také zde uvést citaci stejným způsobem jako v předchozím případě. Při psaní seminární práce se rovněž mohou vyskytnout případy, kdy je třeba odkázat na důležitou práci, kterou autor sám nečetl, ale našel na ni odkaz v jiném díle. Pak uvádíme nejprve odkaz uvedený v citované publikaci a následně citovanou publikaci. Tedy například K. Zeuss, 1925, s. 616 in Třeštík, 2003, s. 478.

Při psaní citací je hlavní zásadou, že musí být v rámci celé seminární práce jednotné a měly by být přehledné, proto je vhodnější uvádět spíše více údajů než méně. V rámci textu odkazujeme několika způsoby, jak jsme uvedli již výše: buď pomocí poznámky pod čarou, pomocí číselných citací, formou poznámky na závěr celého díla,  nebo přímo v textu pomocí závorek. U odkazů v seminární práci platí zásada, že by s jeho pomocí měla být identifikace užité publikace či pramenu co nejjasnější.

Nejčastější formou odkazu je právě užití poznámek pod čarou, kdy každému číslu poznámky v textu je pod čarou přiřazen jeden řádek, kde je uvedeno jméno autora, rok vydání – pokud je dostatečným identifikačním údajem – a strana, kde se citace nachází. Tedy například: KOFRÁNKOVÁ (2006, s. 73). Stejná metoda se užívá i v případě, že v rámci seminární práce citujeme formou poznámek na závěr díla. Způsob užití číselných citací znamená, že přímo v textu seminární práce se uvede pouze číselný odkaz na dokument, který vystupuje pod stejným číslem na konci kapitoly v takzvaném citačním soupisu. Kupříkladu  „Kristián tyto děje převzal z Crescente.“ [1, s.236], přičemž v citačním soupisu je uvedeno: [1] TŘEŠTÍK, D. Počátky Přemyslovců. 1. vydání. Praha: NLN, 2003. ISBN 80-7106-138-7. Poslední možností, jak odkazovat, je užití závorek přímo v textu za danou citací, jak jsme ukázali výše.

Na závěr seminární práce uvádíme vždy seznam použité literatury, kde se uvádí všechna díla, z nichž autor vycházel a která užil. Jednotlivé položky jsou v seznamu řazeny abecedně podle příjmení autorů. Bibliografická citace má následující strukturu:

Autor. Název díla: podnázev díla. Vydání. Místo: nakladatel, rok vydání. Standartní číslo.

            Jednotlivé položky jsou odděleny tečkou, název díla je třeba psát kurzívou. Příjmení autora se zpravidla uvádí velkými písmeny, za čárkou následuje křestní jméno. Pakliže má v seminární práci citované dílo více autorů, oddělují se jejich jména pomlčkou. Standartní číslo znamená buď číslo ISBN nebo u periodik číslo ISSN. Pakliže je citované dílo součástí například sborníku, uvádíme také rozsah, neboli stránky v rámci publikace, kde lze danou kapitolu nalézt. Tedy například:

VLNAS, V. Novokřtěnci v Münsteru. 1. vydání. Praha: NLN, 2002. ISBN 80-7106-505-6

ČAPKA, F. – SANTLEROVÁ, K. Z dějin vývoje písma. 1. vydání. Brno: Masarykova univerzita, 1998. ISBN 80-210-1792-9

KAUFFER, R. Komunismus a terorismus in COURTOIS, S. a kol. Černá kniha komunismu. Zločiny, teror, represe. 1. vyd. Praha a Litomyšl: Paseka, 1999. S.315 – 321. ISBN 80-7185-194-9

Při psaní seminární práce je správný a přehledný poznámkový aparát nezbytností stejně jako správné uvádění bibliografických citací. Je jedním z kritérií při hodnocení a navíc nedodržení správných citací případně neuvedení citace je vážným porušením autorského zákona.